تجدد الجدل بشأن الهيئات المستقلة التي يقرب عددها من ٢٥ هيأة، والتي تحظى بمخصصات مالية كبيرة تفوق المخصص لبعض الوزارات. وأبرز تلك الهيئات مؤسسة الشهداء، مؤسسة السجناء السياسيين، هيئة الاستثمار، ديوان الرقابة المالية ، بيت الحكمة، هيئة النزاهة، هيئة المساءلة والعدالة، هيئة الأوراق المالية، هيئة الحج والعمرة، هيئة الاعلام والاتصالات، المفوضية العليا للانتخابات، هيئة الاعلام العراقي، المفوضية العليا لحقوق الانسان، أمانة بغداد، البنك المركزي العراقي، دواوين الأوقاف.
وقد قيل وكتب الكثير عنها وحتى عن الفساد في بعضها، وبرزت تساؤلات جدية عن مدى استقلاليتها وأهلية مسؤوليها، وكونها تدار منذ سنوات بالوكالة. وهي كانت وما زالت موضع تنافس محتدم بين القوى الحاكمة المتنفذة، وقد هيمنت المحاصصة على إسناد المهام فيها.
الكثير من هذه الهيئات لا يمكن الاستغناء عن دورها، ولكن هناك حاجة الى مراجعة جدية لجدوى وجود بعضها، ولإمكانية اسناد المسؤولية فيها الى كفاءات وطنية نزيهة، بعيدا عن المحاصصة والاحتكار والهيمنة. كذلك ان تتمتع باستقلاليتها، قولًا وفعلًا ، مع وضوح في تحديد جهة ارتباطها وصلتها، وفي متابعتها.